Jako základní pedagogicko-administrativní jednotky existovaly semináře. Už od počátku studijního roku 1946–47 byly zřízeny následující semináře: filozofický, psychologický, pedagogický, sociologický, seminář pro prehistorii a protohistorii, starověké dějiny, dějiny výtvarného umění, klasickou filologii, slovanskou filologii, románskou filologii a anglickou filologii. Po získání dalších učitelů byly zřízeny semináře estetiky, pomocných věd historických, slovanských dějin, obecných dějin, seminář pro obecný jazykozpyt, indologický, sinologický, pro klasickou archeologii, fonetický seminář (později laboratoř) a zeměpisný seminář.
Pro výuku jazyků byly zřízeny jazykové lektoráty. Vedli je hned od počátku lektoři zahraniční a tradice cizích lektorů se při výuce některých jazyků udržela i později (zvl. ruština, polština a francouzština). Již v prvním studijním roce byly zřízeny lektoráty z řečtiny, latiny, slovenštiny, polštiny, ruštiny, srbochorvatštiny, slovinštiny, francouzštiny, italštiny, španělštiny a angličtiny. V roce 1947 přibyly lektoráty čínštiny, dánštiny, holandštiny a norštiny, v roce 1948 bulharštiny a němčiny.
Od roku 1947 byly při některých oborech zakládány ústavy. Ty vznikaly především pro několik příbuzných disciplín, případně po určitou dobu i společně s fakultou pedagogickou. Budovaly vlastní specializované knihovny a sbírky pro potřebu výuky. K prvním ústavům patřily Ústav filozofický (1947–1953), psychologický (1947, do 1953 interfakultní), Ústav hudební vědy (1947, interfakultní), Ústav pro slovanskou filologii (1948), Ústav historický (1948), zeměpisný (1948, přešel později k pedagogické fakultě), sociologický (změněný v roce 1949 na Ústav společenských nauk s připojeným Ústavem pro plánování).
Pro řízení vědeckých i pedagogických otázek příbuzných disciplín byly od roku 1948 na základě ministerského výnosu zřizovány vědecké odbory, které měly charakter mezioborový a mezifakultní. Jejich členy kromě učitelů filozofické a pedagogické fakulty byli jmenováni i vybraní studenti a někteří odborníci nepůsobící na fakultě. Byly ustaveny odbory sociologický, biologický, slavistický, bohemistický, romanistický, odbor pro klasickou filologii a odbor dějin výtvarného umění. Začátkem roku 1949 byly pak zřízeny odbor filozofický, historický, fonetický a odbor pro obecnou jazykovědu. V průběhu roku 1949 došlo k určité reorganizaci, byl vytvořen široký odbor filologický, který měl čtyři sekce: slavistickou, klasické filologie, romanistickou a anglistickou. Vznikem kateder však odbory ztratily svou původní funkci, některé z nich zanikly, jiné existovaly jen formálně. Ty, které zůstaly aktivní, se nadále zaměřovaly na odborné přednášky a diskuse o nejnovějších vědeckých výzkumech pracovníků fakulty či pozvaných odborníků z jiných pracovišť. Nejaktivnější byl odbor filologický. Jeho funkci převzaly v roce 1964 pobočka Jazykovědného sdružení Československé akademie věd, pobočka Literárněvědné společnosti ČSAV a pobočka Kruhu moderních filologů. Početnou přednáškovou činnost vyvíjel i odbor historický.